Selon Compass Direct News, l’Eglise Protestante d’Indonésie a enregistré 54 actes de violence ou autres violations à l’encontre des chrétiens en 2011, contre 30 en 2010. Dans ce pays, les incidents contre des minorités religieuses ont de manière générale augmenté de 198 à 276 entre 2010 et 2011. Une tendance à institutionnaliser l’intolérance a aussi été observée par l’Institut Wahid, organisation musulmane qui promeut la tolérance. Au moins 36 règlements pour interdire des pratiques religieuses différant de l’islam ont été rédigées au cours de l’année.
Le jour de Noël, deux églises de l’ouest de Java ont subi le poids de l’extrémisme croissant : les responsables chrétiens ont été menacés de représailles s’ils organisaient une célébration de Noël.