En Indonésie, l’Institut de recherches musulman modéré Wahid a relevé 35 cas de violations de la liberté religieuse par le gouvernement, dont 28 à l’encontre des chrétiens. 93 cas sont le fait de l’intolérance de la population envers les églises. Dans son rapport publié en fin d’année, il mentionne ces violations : révocation d’un permis de construire pour une église, interdiction de célébrer pour une autre etc. Le plus grand nombre de ces infractions à la liberté religieuse se sont produites dans l’ouest de Java. Dans cette même région, l’intolérance de la population envers les minorités religieuses est aussi la plus forte.
Selon le directeur de l’Institut de recherche Yenny Zanuba, «le gouvernement est timide à reconnaître les violations de la liberté religieuse, pourtant elles sont réelles et directement le fait d’organismes gouvernementaux ou indirectement, en raison des politiques gouvernementales».
En Indonésie, les Musulmans représentent 88, 2 % de la population, contre 5,9% pour les Protestants et 3,1% pour les Catholiques. Les Hindous, Bouddhistes et autres religions représentent moins d’un pourcent.