Dans l’émission Vie politique de TF1, Alain Juppé s’est exprimé sur la place de l’islam dans la République le 12 juin. Contrairement à Nicolas Sarkozy, Alain Juppé ne revendique pas une identité religieuse ou une culture nationale. Mais il évoque la nécessité d’une meilleure compréhension du phénomène religieux : «Si on considère que l’islam est par construction incompatible avec la République, c’est la guerre civile». Il met également en garde contre le communautarisme. Il a rappelé que selon lui, la République doit surveiller la formation des imams, mais aussi le financement des mosquées.