Une proposition de loi a été déposée le 31 août 2012 par le front salafiste égyptien afin d’inscrire dans la constitution du pays le contrôle des fonds de l’Eglise copte par l’Etat. La réaction du patriarche de ladite Eglise est que « si la proposition est acceptée, elle ne peut avoir qu’un sens : la persécution des coptes ». Un contrôle étatique est mal perçu car aucun but lucratif ou d’investissement n’est recherché par l’Eglise. Selon le porte-parole des groupes islamistes, Khaled Saeed, la proposition de loi est une réponse à la demande « d’un certain groupe », qui visait à établir le contrôle des finances des Frères musulmans. Un intellectuel copte a rétorqué que faire une comparaison entre les Frères musulmans et l’Eglise copte est ridicule. Les deux institutions n’ont pas le même but, la première étant politique, l’autre spirituelle. La communauté copte est bien décidée à ne pas se laisser faire.